為協助地方政府推動地下水管理業務，經濟部於99年5月24日經濟部地層下陷防治推動委員會第6次會議，確立違法水井處置原則為新增違法水井即查即填及既有違法水井依存在樣態分類分期處置。另行政院於100年8月16日核定雲彰地區地層下陷具體解決方案暨行動計畫，擬定9大工作重點，其中水井管理工作係全面清查雲彰地區水井申報納管及新增違法水井即查即填、既有違法水井分類處理。
目前雲彰地區已於102年12月31日完成既有水井申報納管作業(申報數合計315,783口)，預計103年至105年複查確認水井位置、規格、使用樣態等、106年至109年輔導合法，並自110年起回歸法制落實水權管理。水利署亦於102年10月8日函頒「雲彰地區水井管理處置作業原則」及103年5月30日函頒「雲彰地區納管水井複查作業手冊」，提供雲林、彰化縣政府作為執行違法水井處置計畫及辦理複查作業之參據。
水利署為積極協助雲彰兩縣府讓轄區鄉鎮公所瞭解既有水井納管、複查及後續輔導方向，促使對納管水井申請人加強宣導，以提高其配合複查之意願，爰於10月6日、16日由水利行政組組長張廣智及副組長林傳茂分別赴雲林縣及彰化縣政府水情中心，與雲林縣政府水利處副處長李炎任、彰化縣政府水資源處處長周廷彰共同主持「水井管理處置作業原則及納管水井複查作業座談會」，邀集兩縣46個鄉(鎮、市)公所代表共同與會，向其闡述雲彰地區水井管理處置作業原則及複查作業辦理方式，以利其瞭解政府期以管理取代填塞水井之政策目的、方向與作法，並進一步針對其對本項政策工作有不瞭解或疑慮之問題充分說明與釐清，亦多次聲明在無替代水源等相關配套措施狀況下，不會貿然封井之指導原則。
經由水利署同仁及縣府代表詳加解說後，與會人員多已能瞭解政府推動納管水井複查，以健全水井管理之用心與方式，並允諾在後續宣導與納管水井複查作業時提供必要協助。另部分與會人員對於複查作業實務可能面臨狀況所提因應建議，縣府亦允諾於複查工作正式展開前妥予納入考量與規劃。
在水利署積極主動協助彰化與雲林縣政府辦理鄉鎮公所代表座談會後，已為納管水井複查作業建立重要基礎，目前兩縣府委託複查勞務採購案正陸續發包中，預計今年12月底前可完成第一階段標案決標，逐步開展現地複查作業，並將提醒納管水井申請人應確實依照彰化縣及雲林縣政府公告之複查行程及注意事項，於指定時間地點備妥必要文件資料，配合現場調查人員導引完成複查作業及簽章確認，屆時符合存在條件者將可優先列入輔導合法對象，而未於兩縣府公告期限內配合完成複查作業者，其納管資格將予以撤銷。
推動雲彰地區既有水井納管、複查工作及未來輔導合法，皆為地下水管理之重要依據，中央與地方政府已有一致共識、連線推動，未來會將雲彰地區推動成果擴展到全國辦理，以達成地下水井有效管理藍圖。