104年度水資源作業基金預算案收支預計短絀7億8,421萬3千元，較上年度預算數短絀7億267萬1千元，計增加短絀8,154萬2千元，約增加11.6％。各科目說明如下：
業務收入71億417萬6千元，主要係編列觀光服務收入、給水銷貨收入、售電收入、中央管河川疏濬及水庫清淤土石銷貨收入、租金及權利金收入、保育與回饋收入及海堤區域、河川區域或排水設施範圍之使用費收入等，較上年度預算數67億431萬7千元，計增加3億9,985萬9千元，約增加5.96％，主要係考量石門電廠防淤工程預計103年底完成，電廠恢復正常運轉，致收入增加所致。
業務成本與費用69億1,587萬1千元，主要係編列觀光服務成本、給水銷貨成本、售電成本、中央管河川疏濬水庫清淤土石銷貨成本、保育與回饋費用、海堤、河川、排水區域雜項業務費用及管理與總務費用等，較上年度預算數63億7,709萬元，計增加5億3,878萬1千元，約增加8.45％，主要係因增加河防構造物維護及台灣水文觀測整合等計畫支出，致各項成本費用增加所致。
業務外收入7,929萬5千元，主要係編列利息收入、租賃收入、財產交易賸餘、資產使用及權利金收入、違規罰款收入及雜項收入等，較上年度預算數7,427萬9千元，計增加501萬6千元，約增加6.75％，主要係參酌基金資金運用狀況，並按現行利率水準核算，預估利息收入增加所致。
業務外費用10億5,181萬3千元，主要係編列停灌休耕補償費用及駐衛警相關經費，較上年度預算數11億417萬7千元，計減少5,236萬4千元，約減少4.74％，主要係經參酌以前年度執行情形減列停灌休耕補償費用等所致。
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| 103年度水資源金作業基金預算案收支預計(單位：元) |
| 科目名稱 |
本年度預算數 |
上年度預算數 |
本年度與上年度比較 |
| 業務收入 |
7,104,176,000 |
6,704,317,000 |
399,859,000 |
| 業務成本與費用 |
6,915,871,000 |
6,377,090,000 |
538,781,000 |
| 業務外收入 |
79,295,000 |
74,279,000 |
5,016,000 |
| 業務外費用 |
1,051,813,000 |
1,104,177,000 |
-52,364,000 |
| 本期賸餘(短絀-) |
-784,213,000 |
-702,671,000 |
-81,542,000 |