曾文溪排水位於台南市西側安南區，自上游台南市安定區台19線公路交界起，流經十二佃及台南科技工業區東側，下游段則穿越台南市安南區後匯入鹽水溪，全長12,570公尺，集水區域面積約31平方公里，涵蓋台南市安定區及台南市安南區等行政區。採綜合治水概念及集水區整體規劃等治水理念，除改善淹水問題外，兼顧安全、生態與景觀，以達成治水、利水、親水、活水、保水之目標。
曾文溪排水下游出口段(0k+000～5k+040)依鹽水溪排水堤高(EL2.95公尺)為背水堤高度基準向上游延伸，以確保鹽水溪排水25年重現期距計畫洪水不致溢堤倒灌為原則。
其餘上游渠段之保護基準則以能宣洩重現期距10年洪峰流量且25年洪水位不溢堤為原則(出水高至少50公分)。其中本淵寮上游段整治工程經過台南市紅樹林生態公園，沿線堤後坡既有紅樹林植物生長繁盛，主要以當地自然生長之海茄苳及欖李為大宗，另有少許伴生植物如土沈香等，共約有8百餘株。
曾文溪排水下游段近臨海岸，屬海水趕潮段範圍，其間海茄苳及欖李係本地濱海地區普遍常見及具代表性之紅樹林植物，雖未列入文資法公告之珍貴稀有植物，卻為農委會「台灣稀有及瀕危植物的分級-彩色圖鑑(I-VI)」列入稀有種的植物，爰本工程設計即將紅樹林之移植保育納入重視考量，避免隨工程進行而遭受砍除。
因紅樹林生長於濱海潮間帶，發展出不同於陸地植物之特殊生理構造，尤其為適應高鹽份不透氣土壤之廣綿淺層根系及其氣生根分佈，故不可沿用移植一般陸地植物的方法進行移植。
因此，本工程蒐參相關研究及洽詢當地紅樹林保護協會之專業指導與建議，於清點紅樹林分類編號完成後，採斷枝但不斷根之儘量保持根系完整之移植方法，移出後於第一時間儘快移入生態公園內經擇選之適當潮間環境，並續進行澆水(同公園池內鹽水)養護，以提高移植存活率，移植完成照片如附圖所示。