寶山第二水庫位於新竹縣寶山鄉。由於寶山鄉已有寶山水庫，故本水庫稱為「寶山第二水庫」，簡稱為「寶二水庫」。但寶山水庫在頭前溪支流柴梳山溪，寶二水庫在中港溪水系峨眉溪支流石井溪，並不是同一水系，只不過兩水庫都從頭前溪支流上坪溪以上坪堰越域引水，因此這兩座水庫也算是兄弟水庫。
為因應新竹科學園區需水孔急，1985年9月竣工的寶山水庫供水仍舊不足，寶二水庫因此列入國家建設六年計畫、十二項建設計畫全力推動，2006年6月水庫完成後每日增供約19萬立方公尺原水，若與寶山水庫、隆恩堰聯合運用，每日可增供約28.2萬立方公尺，對新竹地區供水效益甚大。
寶二水庫本身集水面積小，只有2.88平方公里，設計總容量3,190萬立方公尺，政府為水庫管理需要及考量集水區內土地所有者權益，將本水庫集水區內土地全部徵收，計畫總經費達130億元。
寶二水庫大壩中央不透水心層分區滾壓式土壩，壩長345公尺、壩高61公尺，較特殊的是其三段取水的取水工。本來，直立式取水塔並不稀奇，但塔高58公尺卻是此類型全國第一，而為了方便操作維護，還建了造型、顏色都很搭配水庫的紅橋，頗為賞心悅目。另外其溢洪道因施工品質優良曾獲公共工程委員會第四屆工程金質獎優等。
【補充說明】集水區：依據水土保持法第三條，集水區係指溪流一定地點以上天然排水所匯集地區。簡單的說，水庫集水區就是該區域所降下的水會匯集入該水庫。
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