行政院組織法自民國36年制定以來，雖與時俱進，並以穩定漸進的行政組織變革帶動各領域發展，惟面對未來瞬息萬變的社會環境，仍必須不斷力行改造，以利與各先進國家並駕齊驅。
為展現行政效能，大幅提升國家整體競爭力，行政院本於精實、彈性、效能三大原則，積極推動組織改造工作。民國99年1月，立法院三讀通過行政院組織改造四法，使政府組織改造工程，踏出歷史性的一步。行政院組織改造在各界積極凝聚最大共識下，確認行政院設14部、8會、3獨立機關、1行（中央銀行）、1院（故宮博物院）及2總處。
在「分批完成立法，分階段施行」的原則下，兼顧法制完備性、施政穩健度及堅實組改配套作業等因素，與國會建立良好的溝通管道，積極協調立法院完成各項新機關組織法案的立法作業。
配合行政院組織法修正，水利署相關功能業務及組織調整等作業，將改隸為環境資源部水利署，預計以104年4月1日為目標啟動日期，目前相關單位皆以預先因應配合辦理組改事項，務期組改作業能在「提升效能」及「無縫接軌」之原則下穩健推動，達成組織改造「精實、彈性、效能」之目標。
屆時相關退休人員之照護業務（月退休金、三節慰問金），仍維持賡續由水利署繼續辦理。