為落實「無紙化」作業，
水利署自94年起推行公文線上簽核系統，正式開啟電子公文之路，並在100年10月3日導入「公文線上簽核系統」第二版，推廣至
水利署及所屬等15個機關，並於102年11月導入
水利署與所屬機關間跨機關簽核作業，除提昇公文傳遞及簽辦作業效率外，亦提昇
水利署及所屬行政效率與機關形象。
水利署公文線上簽核系統依據電子簽章、電子公文交換作業、檔管規定、檔案電子儲存管理實施辦法、文書及檔案管理電腦化作業規範等法規，結合安全認證、電子文件控管、流程引擎、XML資料交換標準，為符合「公文及檔案管理資訊系統驗證」標準，
水利署將系統送請中華民國資訊軟體協會進行2015版檔案管理完整版驗證，並在105年3月8日審核通過及取得證書。
水利署公文線上簽核系統具備有：創簽稿、加註會辦意見、核判決行等功能，均整合數位憑證，以達公文資訊之機密性、完整性與不可否認性。
水利署於102年10月開始導入自然人憑證應用，其加簽數已占公文總量之30.78%，因已獲致可觀績效，曾於104年7月榮獲得內政部「自然人憑證應用系統評比活動」之「公務應用系統組」優良獎。具見
水利署追求公文線上簽核系統之機密性、完整性與不可否認性的成果。未來隨著使用期間的增加，其績效將更顯著。