依據土地徵收條例第57條規定：「需用土地人因興辦第三條規定之事業，需穿越私有土地之上空或地下，得就需用之空間範圍協議取得地上權，協議不成時，準用徵收規定取得地上權。但應擇其損害最少之處所及方法為之。」
水利署辦理工程用地取得之私有土地地上權補償規定，係依據「
水利事業穿越私有土地之上空或地下地上權補償辦法」辦理補償，其設定地上權並不影響原有
土地使用，僅將水利工程設施穿越土地上空或地下，並非徵收所有權，倘原有土地上有農作改良物，仍可以繼續耕作，因所影響使用權利較小，所以地上權補償金額也略有不同，係以所有權補償費再乘以不同深度之補償率，相關補償率可參酌前開之補償辦法。
水利署為興辦
水利事業，不管是徵收所有權或地上權，辦理流程上若有不明白之處，均可洽主辦單位詢問，了解自身權益。