有鑒於104年臺南市登革熱肆虐，造成轄內民眾人心惶惶，公部門亦繃緊神經，軟硬政策兼施，除宣導民眾防疫基本概念與方法，同時祭出罰法嚴格執行取締，至當年年底方平息臺南市登革熱疫情。
第六河川局105年度及早為臺南市防疫工作準備，於年初3、4月起，即主動積極辦理轄管
鹽水溪及
鹽水溪排水之
布袋蓮、垃圾及積水容器清除工作，於年中7、8時，病媒蚊孳生高風險時段，每日最高派達10人次辦理垃圾及積水容器孳清工作，並額外向中央爭取200餘萬經費針對重點河段及高密度人口處支堤段加強維護及管理工作，在中央與地方密切配合下，105年度登革熱情況截至年底僅個位數案例，成效相當良好。
經歷104年登革熱嚴峻考驗及
第六河川局於105年初便及早投入防疫備工作，成效相當良好，未來106年亦將參考前兩年經驗，除持續積極辦理
布袋蓮之清除外，亦於年初即編列相當經費辦理
河川區域及
排水設施範圍內雜草割除、
高灘地積水填平及垃圾、廢棄物巡撿清除工作，期能持續維持106年度
第六河川局轄管
河川及
排水病媒蚊孳生源產生機率。