依據國有財產法第61條規定，主管機關對於各管理機關有關公用財產保管、使用、收益及處分情形，應為定期與不定期之檢查。
水利署今（106）年度依財政部「106年度國有公用財產管理情形檢核計畫」，對所屬各水資源局、各河川局、水利規劃試驗所及台北水源特定管理局經管國有公用財產之產籍管理、使用情形、被占用處理及活化運用情形實施檢核。
檢核方法分為書面檢核及實地訪查，書面檢核係由管理機關於3月底前依國有公用財產管理情形自我檢核表，逐項自我檢核並填列辦理情形後函送主管機關複核，主管機關接獲所屬管理機關之檢核表後，於4月底前就其檢核結果複核，並填製主管機關複核結果表。實地訪查則為主管機關於8月底前實地訪查所屬管理機關管理情形，倘有所屬管理機關書面檢核結果缺失較多或經管國有不動產被占用情形嚴重者，優先列入訪查。
對於書面檢核結果之處理，各管理機關於自我檢核發現之缺失，應自行依規定檢討改正，而主管機關完成複核後，應就發現之缺失列管督導改正。至於實地訪查結果之處理，則由主管機關辦竣實地訪查後，作成訪查紀錄函送受訪機關，並就發現之缺失列管督導改正。