行政院於民國81年核定「臺灣地區地下水觀測網整體計畫」及民國98年核定「地下水保育管理計畫(98~103年度)」後，至民國101年底，水利署陸續於全台各地下水分區完成747口自計式地下水觀測井之建置工作，並以長期進行地下水相關試驗調查，蒐集完整且整體之地下水環境基礎資料為目標。
為提升此逐年建立之龐大基礎資料品質與後續加值應用分析成效，現階段地下水觀測網之推動方向已由早期之「規劃建置」，轉變成以持續維持觀測站網正常運作之「維護管理」為目標，為提升地下水觀測資料品質與完整性，強化資料加值分析應用，本署亦積極透過檢討既有觀測資料收錄與品質作業程序，研擬修正並建立妥適之自動化資料品質檢核方式與工作流程，以確保後續新增水位資料品質，達到地下水觀測網得以永續經營。
依目前本署所訂定之地下水觀測資料收錄、上傳與檢核工作，主要權責單位為各河川局規劃課與本署水文技術組，其中各河川局負責主要之每月水位觀測資料收錄、初核與資料上傳本署系統資料庫等工作；而本署水文技術組則依據各河川局每月上傳之地下水觀觀測資料進行後續異常資料之複核工作。
台灣地區各地下水分區觀測站井數量統計：
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分區
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蘭陽
平原
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新苗
地區
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台中
地區
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嘉南
平原
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澎湖
地區
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屏東
平原
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花東
縱谷
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台北
盆地
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合計
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自記觀測站數量(站)
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21
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13
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24
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23
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93
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69
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4
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62
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18
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21
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348
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39
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33
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50
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38
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226
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159
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6
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143
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23
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30
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747
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由於地下水位觀測資料後續可作為水資源開發、利用、管理、保育之參考依據及提供各項相關研究之應用，因此，如何確保所收集資料之正確性並能真實呈現地下水水位變化之現況，實為在辦理地下水水位基本資料收集與資料檢核等工作時之重要指標。而資料品質正確性摒除人為其他可能造成誤差之因素外，地下水位觀測儀器之性能亦扮演不可或缺之因素。本署目前地下水觀測儀器主要可分為沉水式壓力感應傳感器(壓力式)及浮筒式電位器(浮筒式)等兩類，其中大部分型號以壓力式為主，約佔所有地下水觀測井85%。而一般壓力式地下水觀測儀器主要以電池為主要電源以供應儀器正常運作，因此，電池電壓穩定與否容易造成地下水觀測資料品質產生疑慮，故本署針對地下水觀測儀器常見問題如電池續航力、資料補遺、儀器校正及資料上傳等常見問題與工作，擬陸續建置相關管理原則(如提高電池伏特)與汰換管理(定期保固更新、突發狀況檢修)機制，以達到提高儀器正常運作。
同時，為掌握地層嚴重下陷區域之地下水水位連續變化情形，其觀測資料之品質，更是當前重要之課題，爰本署積極規劃地下水管制區及高鐵沿線3公里內之觀測井觀測資料即時預警系統之推展工作，以尋求能更即時獲得並掌握敏感地區內之地下水水位變化，達到地層下陷預警之目的。 
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