103年度水利署及所屬單位預算案歲入編列2億7,682萬8,000元，102年度預算編列2億7,565萬9,000元，較上年度增加116萬9,000元。
103年度本署及所屬單位預算案歲出編列197億8,670萬8,000元，102年度預算編列159億2,956萬元，較上年度增加38億5,714萬8,000元。
103年度本署及所屬單位預算案，立法院尚在審議中，目前未完成法定程序，各科目預算數詳請參閱附加檔案。
| 歲入預算統計表(單位：元) |
| 科目名稱 |
本年度預算數 |
上年度預算數 |
本年度與上年度比較 |
| 合計 |
276,828,000 |
275,659,000 |
1,169,000 |
| 罰款及賠償收入 |
82,950,000 |
82,950,000 |
0 |
| 規費收入 |
15,540,000 |
18,210,000 |
-2,670,000 |
| 財產收入 |
100,902,000 |
100,489,000 |
413,000 |
| 其他收入 |
77,436,000 |
74,010,000 |
3,426,000 |
| 歲出預算統計表(單位：元) |
| 科目名稱 |
本年度預算數 |
上年度預算數 |
本年度與上年度比較 |
| 合計 |
19,786,708,000 |
15,929,560,000 |
3,857,148,000 |
| 水資源科技發展 |
196,604,000 |
208,353,000 |
-11,749,000 |
| 一般行政 |
1,922,200,000 |
1,927,913,000 |
-5,713,000 |
| 水利建設及保育管理 |
17,658,509,000 |
13,784,719,000 |
3,873,790,000 |
| 一般建築及設備 |
2,460,000 |
1,640,000 |
820,000 |
| 第一預備金 |
6,935,000 |
6,935,000 |
0 |