政府為提升中央管河川兩岸居民生命財產安全之保障及營造自然豐富之河川環境，自75年起分3期共計18年逐年編列公務預算辦理「全省河海堤整建計畫」，為持續治理以發揮整體成效，水利署自93年起執行第1期「重要河川環境營造計畫(93-97年)」，並於97年接續推動「重要河川環境營造計畫(98-103年)」及「振興經濟擴大公共建設投資計畫-加速辦理中央管河川急要段治理與環境營造計畫(98-100年)」，已有效漸進改善重要河川防災減災、營造自然豐富之水環境及親水遊憩空間、促進河川棲地保育、建置河川基本資料、設施維運之目標任務。
「重要河川環境營造計畫(98-103年)」計畫期程為98、101~103年共計4年，適用對象為26條重要河川(含中央管河川24條、淡水河及磺溪)，核定預算為397.84億元，由本署負責計畫督辦，本署附屬機關負責工程執行；地方政府負責用地取得事宜，本署附屬機關協辦。實際編列經費：98年100.84億元、101年78.45億元、102年68.56億元、103年75億元。
至101年底已執行完成堤防及護岸實際辦理長度92.51公里、增加保護面積9,913公頃；環境景觀改善工程實際辦理長度55.42公里、景觀改善面積306公頃；辦理河川治理基本計畫規劃檢討、特殊工法模組研發及資訊圖資系統建置等基本資料調查、監測及技術發展計畫141件，以及經常性維運工作。
計畫經評估其50年生命週期益本比為1.24。現階段計畫98年度預算達成率為83.06%，101年度預算達成率為95.05%，98~101年整體預算達成率為97.80%，各年度財務執行績效良好。
惟執行中之「重要河川環境營造計畫(98-103年)」將於103年底屆滿，為持續辦理尚未完成防災減災及環境營造之河段，並為中、長程河川治理策略轉型之調整，及遵循國家重要上位計畫「國土空間發展策略計畫」、「國家氣候變遷調適政策綱領」及「黃金十年國家願景計畫」中之推動河川流域整體治理規劃、系統性推動防洪措施及保護河川自然風貌與美質之指導策略方向，逐漸轉型改變，推動流域整體治理規劃、綜合治水之新政策觀念，必須訂定後續之「重要河川環境營造計畫(104-109年)」，以延續重要河川之治理與環境營造，並為中、長程河川治理觀念策略轉型之調整。
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重要河川環境營造計畫(104-109年)基本策略，首在基本觀念與世界新趨勢接軌，自傳統之洪水治理、人定勝天，轉型為洪水管理、與水共存；在策略方面，則遵循國土空間發展策略計畫之政策指導方向，以流域整體治理規劃，將流域上、中、下游視為一整體單元治理，替代傳統之河川治理規劃；並以綜合治水、多元工法、工程與非工程措施並重，以推動防災減災、環境景觀及棲地營造、非工程措施及自主災害防備工作。重要河川環境營造計畫(104-109年)與早期計畫之不同，除在觀念、策略之轉型改變外，並將計畫目標由早期之洪水、積潦防災減災，擴大為複合型災害之防治，並加重河川景觀營造及棲地系統之保育。
前期計畫「重要河川環境營造計畫(98-103年)」之工作項目分為防災減災、環境改善、維護管理及基本資料調查監測及技術發展等四大項，由於現階段之河川治理觀念，已由傳統之築堤束水、洪水控制，改為工程措施與非工程措施並重之洪水管理綜合治水方法，且為因應氣候變遷因素之調適，更需重視非工程措施及自主災害防備，因此後續之「重要河川環境營造計畫(104-109年)」之工作項目改增修為「防災減災」、「環境景觀及棲地營造」、「基本資料調查監測及技術發展」、「維護管理」及「非工程措施及自主災害防備」等五大項，並遵循「黃金十年國家願景計畫」、「國家氣候變遷調適政策綱領」及「全國治水會議結論」及「黃金十年國家願景計畫」等國家施政策略之上位指導綱領，及依整合土地利用開發、水土保持、河川治理、水質維護、河川棲地保育及環境景觀營造等，採水利機關為主軸，相關機關及地方政府共同執行方式，期能達成「恢復自然健康河川，建構永續生活環境」之願景。