台灣早期河川發展與管理工作較偏重於治水、利水的水利設施，近年來生態保育觀念抬頭，為使河川生態資料滿足水利工程單位進行生態環境保護之規劃與設計，水利署第一河川局乃針對和平溪主流與支流楓溪進行河川情勢調查，以瞭解和平溪水系環境及生態物種之組成與特性。經現場勘查於民國102~103年間選定4處調查樣站進行河川環境與生物調查。
保育與生態調查
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依據調查成果，水域生物部分，魚類紀錄共5種，其中粗首鱲及大吻鰕虎為特有種。底棲生物紀錄共6種，其中南澳澤蟹、雙色澤蟹及擬多齒米蝦為特有種。水生昆蟲部分，主流和平溪以黽蝽科及四節蜉蝣科居多，支流楓溪以舌石蛾科及扁蜉蝣科居多。浮游性藻類與附著性藻類分別為22種及27種，數量及組成上均以矽藻門居多。
陸域生物部分，鳥類紀錄共70種，其中包含11種特有種及25種特有亞種，熊鷹及林鵰等2種屬瀕臨絕種之保育類野生動物。哺乳類紀錄共19種，其中包含1種特有種及2種特有亞種，臺灣山羊及穿山甲等2種屬珍貴稀有之保育類野生動物。兩棲類紀錄共10種，其中莫氏樹蛙及盤古蟾蜍等2種屬特有種。爬蟲類紀錄共18種，其中斯文豪氏攀蜥屬特有種，百步蛇、食蛇龜及柴棺龜3種屬珍貴稀有之保育類野生動物。蝶類調查結果僅紀錄寶島波眼蝶1種特有種。蜻蛉類僅紀錄短腹幽蟌1種特有種。
河川環境調查結果顯示和平溪主流由於受上游崩塌地影響，水質混濁，含砂量偏高，建議於崩塌地進行水保植生以減少土砂下移，改善和平溪水質問題；河口段受海風與季風吹拂，且河床大量裸露易產生揚塵，建議於河口揚塵地區利用自然植生覆蓋以防風定砂。另經由生態調查成果，部分河道受蘇花改工程及河道內砂石車便道通行等因素影響魚類棲地，建議強化河道環境管理機制，以降低對生態環境之影響；新建堤防護岸則建議綠化或粗糙坡面，以提供動物橫向生態廊道，並營造自然生態環境，以達生態保育與環境永續經營之目標。