為防洪整治或水資源開發等水利事業施作，基於公益性、必要性需取得用地，在徵收土地前水利署皆竭誠與所有權人協議先以價購方式取得土地及土地改良物，惟仍有所有權人因繼承、他項權利未塗銷等因素而未能達成協議，為使水利建設之遂行，最後需依土地徵收條例規定程序辦理徵收。
辦理用地徵收所涉及主要補償項目為地價補償費及土地改良物補償費。其中，地價補償標準依土地徵收條例第30條規定：「被徵收之土地，按照徵收當期之市價補償其地價。」至土地改良物補償費屬建築改良物部分，依土地徵收條例第31條規定：「建築改良物之補償，按徵收當時該建築改良物之重建價格估定之。農作改良物之補償，於農作改良物被徵收時與其孳息成熟時期相距在一年以內者，按成熟時之孳息估定之；其逾一年者，按其種植及培育費用，並參酌現值估定之。建築改良物及農作改良物之補償費，由直轄市或縣（市）主管機關會同有關機關估定之。」
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因用地取得作業涉及人民財產權，本署係以嚴謹程序辦理，並於公聽會或協議價購會議時，以公平、公開方式宣導相關補償標準及作業，以保障所有權人及利害關係人權益。
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