本署轄管中央管河川、排水、水庫、海堤等各區域，幅員狹長遼闊，且分布全臺各地，需地機關為辦理公務或公用使用，常需向本署申請使用。
水利署接到類似申請案件，均先函請需地機關邀集轄管有關機關辦理實地會勘，經會勘檢討後，申請使用之土地如本署已不作公共使用，則請需地機關依規辦理撥用程序。如位屬中央管河川區域內、中央管區域排水路或海堤堤身，因土地仍具公用性質，則請其向本署轄管河川局申請許可；如位於水庫蓄水範圍內，則請其向水庫管理單位辦理；若需使用的署管土地，現況為農田水利會的灌排水路，因實地仍供水路水利設施使用，在不影響原有水利設施及功能下，應由需地機關將工程共構(跨越或箱涵等)設計圖函請所在農田水利會審核同意後，並報本署備查。
本署經管國有土地，依國有財產法第11條、第28條、第32條及第40條規定，原則上均應依預定計畫及規定用途或事業目的，直接管理使用。這些土地均係國家之資產，本署向來對守護國有財產不遺餘力，亦是政府部門應盡的責任，所以本署也以掌握各筆土地使用現況為管理目標，達到財產不疏漏。