經濟部組織調整112年9月26日正式生效，組改後內部單位為6司6處，下設10個三級機關及1個訓練機構，共同推動「經濟產業多元創新」、「全方位經貿布局」及「能源永續發展」三大重點業務，以因應全球供應鏈重組、市場快速變化、技術創新升級及氣候變遷等挑戰。
配合行政院組織改造，水利署(以下簡稱本署)仍隸屬於經濟部，置署長一人，綜理署務，並指揮監督所屬員工，副署長三人，襄助署務，署內設置綜合企劃、水源經營、河川海岸、水利行政、保育事業、水文技術、水利防災、工程事務、土地管理九組及秘書、人事、政風、主計、資訊五室，主掌其外務與內務工作；下設三個水資源分署、十個河川分署、臺北水源特定區管理分署、水利規劃分署，並負責全國水利事業之保育、治理、管理、調查、試驗、研究及規劃事項。
本署112年9月26日組織調整，一級單位主管以上職務派任（代理）情形如下：
一、署長：賴署長建信。
二、副署長：王副署長藝峰、黃副署長宏莆及林副署長元鵬。
三、總工程司：連總工程司上堯。
四、主任秘書：陳主任秘書建成。
五、副總工程司：簡副總工程司振源、周副總工程司文祥、張副總工程司庭華、白副總工程司烈燑及陳副總工程司春宏。
六、綜合企劃組組長：李組長榮富。
七、水源經營組組長：郭組長純伶。
八、河川海岸組組長：林組長家弘。
九、水利行政組組長：蘇組長柄源。
十、保育事業組組長：周副總工程司文祥代理。(現任為楊組長介良)
十一、水文技術組組長：簡組長昭群。
十二、水利防災組組長：林組長益生。
十三、工程事務組組長：許組長朝欽。
十四、土地管理組組長：吳組長益裕。
十五、秘書室主任：蘇主任聰益。
十六、人事室主任：宋主任淑鈴。
十七、政風室主任：徐主任啟文。
十八、主計室主任：鄭主任素惠。
十九、資訊室主任：楊主任介良。(現任為許主任順智)
本署各所屬機關112年9月26日組織調整，首長派任情形如下：
一、北區水資源分署分署長：江分署長明郎。
二、中區水資源分署分署長：莊分署長曜成。
三、南區水資源分署分署長：吳分署長嘉恆。
四、水利規劃分署分署長：張分署長廣智。
五、臺北水源特定區管理分署分署長：劉分署長秀鳳。
六、第一河川分署分署長：董分署長志剛。
七、第二河川分署分署長：楊分署長人傑。
八、第三河川分署分署長：張分署長稚煇。
九、第四河川分署分署長：李分署長友平。
十、第五河川分署分署長：吳分署長明華。
十一、第六河川分署分署長：謝分署長明昌。
十二、第七河川分署分署長：蔡分署長宗憲。
十三、第八河川分署分署長：李分署長宗恩。
十四、第九河川分署分署長：王分署長國樑。
十五、第十河川分署分署長：陳分署長健豐。