水利署會計業務電腦化於民國84年開始，民國89年精省改隸中央後轉版，復於91年全面推行至所屬機關，對各機關主計業務之控帳、製表、彙編助益頗大。
一般而言，中央部會機關多使用院處的GBA系統，然本署執行台灣地區水利工程及水利行政業務，平時工程、用地計畫、委辦計畫與補捐助計畫相當多（經費佔預算八成以上），且GBA系統未提供工程用地等控帳方式與其執行數統計，為提昇本署暨所屬機關之工作效率，自行委商開發會計系統。民國91年起，本署暨所屬機關運用系統進行預算分配作業、工程控帳、登帳製表、年終保留決算後，簡化控帳程序，縮短日常製表時間，快速彙整本署暨所屬機關工程執行數，並提供各類執行數據供決策參考。
民國100年12月接獲院處指示：擬於102年1月全面試辦「中央政府普通基金普通公務會計制度」（以下簡稱新制）。新制與目前公務會計系統開發的基礎（現行制度）差異很大，不論會計科目、會計分錄、報表格式規則皆改變很多，須修改原有會計系統。
考量評估如下4個關鍵因素：
1.GBA系統未提供工程控帳與執行數統計功能，因此仍需自行開發系統以利控帳並印管理表以為因應。
2.新制實施初期，報表規範修改機率較高，為降低「新制報表格式修改」對自行開發系統造成的影響，擬與GBA介接，利用GBA系統列印制式帳表。
3.原來會計系統的資料，利用轉檔程式轉入新系統，以減少期初建置資料補登的工作。
4.至少預留3個月的平行測試期間，並且避開12月主計業務忙錄期。
綜上，經重新設計一系統比以原系統修改的經費預算高出甚多的成本考量及時程較為冗長的時間考量下，爰於101年3月委商修改現有普通公務會計系統（以下簡稱新系統），修改現有控帳模組，配合GBA系統的傳票登帳設計，重製傳票登錄機制，增設傳票匯出給GBA介接介面，並撰寫轉檔程式轉置原系統資料到新系統，新系統於101年9月上線。.png)
新系統決標後，依約進行專管會議、安排訪談、召開工作會議洽請所屬一起腦力激盪。期間為使新制施行順利，主計室先安排各機關主計同仁參加新制的訓練課程，熟悉新制，並召開研商「公務會計系統配合新制增修功能介接新GBA系統事宜」會議，邀請院處長官與會指導，釐清新制之疑義，俾系統規劃符合新制規範並具方便性。在承商忙於開發系統之際，主計同仁開始進行拆帳的工作。
新系統於101年8月交付，9月舉辦教育訓練，隨後進行輔導上線，開始平行測試作業。考量測試資料之有效性及主計同仁可負載的測試工作量，決議轉入截至7月累計數，補登8、9月的傳票，至101年10月底全部機關皆已能新制與現制同步作業（包含預算分配、各類案件控帳、開立傳票，並列印各式統計表與原會計系統核對），於102年2月完成101年保留決算之測試。以5個月的實際帳務登錄進行各項測試，有助於提昇系統的正確性與實用性。
為利於新系統傳票與GBA介接的測試，於本署主機安裝一套新GBA系統做為測試之用。但測試工作不如預期，依進行的時序分為以下幾個階段：
1.第一階段：自101年7月起由承商模擬常用交易事項案例，進行傳票匯GBA系統測試，承商將發現的問題發送E-MAIL給主計總處，請求協助。
2.第二階段：101年9月系統上線後以署本部傳票為測試樣本（因本署所開立的傳票類型最多），測試各類交易類型傳票匯入情形。期間陸續反應GBA無法匯入之案例，報請主計總處協助處理。此期間發生之問題，部分為承商匯出的XML檔有誤，部分是GBA系統匯入程式有誤。
3.第三階段：於101年11月發現「陸續反應問題，待院處回應與修改，改後再測試」的方式恐緩不濟急，改以本署暨所屬機關曾使用過的會計事項，逐一事項模擬開立傳票，再匯入GBA系統測試，將發生的案例一次列出，洽主計總處一併處理。此階段所反應的問題大多需院處修改GBA匯入程式。
GBA系統匯入程式須由主計總處洽該維護廠商處理，而其處理時間超出本專案原合約期程（102年2月），經報准本案展延至102年4月30日，但因GBA匯入程式仍未改好，再辦理第2次展延至102年10月31日。後經院處協助，於102年8月完成GBA匯入程式修改。
4.第四階段：請本署暨所屬機關將101年度傳票全數匯入GBA系統，終於在102年8月完成匯GBA測試驗證。
本案於102年10月28日完成驗收，順利結案。回顧本案，系統修改與新制的學習同步進行，在需求不明確的情況下欲於6個月內完成新系統增修實為相當艱鉅的任務。幸得長官萬分支持、本署暨所屬機關主計同仁與承商開發團隊積極投入之下，新系統始能如期上線。同時也感謝院處長官於公務繁忙之餘，仍撥冗協助本署完成傳票匯GBA的測試，使本案得以順利結案。
開發初期主計同仁積極投入新制的研討，與承商合作釐訂明確的需求，資訊室依預計進度進行各項配合事宜，承商積極開發系統並簡化程序，上線後主計同仁並積極進行平行測試作業。主計室、資訊室、承商三者各司其職合作無間，是為本案成功的主要關鍵。至於傳票匯GBA的測試期程超出原來預期而辦理展延，探討其原因為本案介接工作原就需要院處、本署、承商及GBA維護廠商四者合作始能完成。再次感謝長官的支持以及各位主計同仁的積極參與，使本案能順利完成！