阿公店水庫是全國第一座以防洪為主，兼具灌溉及公共給水的多目標水庫，也是全國唯一於汛期期間進行「空庫防淤」操作之水庫。
每年6月1日至9月10日，是雨水豐沛的汛期，也是阿公店水庫的空庫防淤期，水庫會預先排空庫水，在遭遇颱風豪雨事件時，經由控制溢洪管閘門開度，水庫能調節洪水排放至下游之水量，而空庫的儲水空間即作為滯洪空間使用，可大幅減少下游岡山、永安等地區淹水的情況，這也是阿公店水庫是一座以防洪為主的水庫的原因唷！
空庫防淤期間除有滯洪效果外，還能將汛期間自濁水溪上游挾帶大量土砂之溪水，直接藉由阿公店溪排出大海，讓渾水不逗留在水庫庫區沉積，大幅減低水庫的淤積量，此外，汛期間豪大雨或颱風來臨時，雨水的拍打及逕流的沖刷，也能將已經沉積在水庫的底泥攪散，一同隨著濁水溪的水流入海，藉此達到高效率的水庫清淤成果，可以說是一舉兩得呢！
除了空庫排砂、防洪之外，為了增加蓄水空間，阿公店水庫還增加了「陸挖清淤」、「水面下清淤」及「抽泥輔助排砂」的工作，其中陸挖清淤 方式是在水庫低水位，底層土壤乾燥時，進行挖土載運；而水面下清淤，即是在水位下降至標高32公尺時，利用浮台及挖土機挖取水下淤泥並利用裝載平台運至土方暫置場；而抽泥輔助排砂的方式，即是將淤泥先抽至庫中主深槽及溢洪管附近堆置，輔助於空庫防淤期操作時提高排砂效果的方法。所以，藉由各清淤方法多管齊下，才能使阿公店水庫得以永續運營，是座兼具滯洪防災及基礎供水的多功能水庫。
在每年6月1日至9月10日蒞臨阿公店水庫，會看到庫水較少、底泥露出的狀況，也有挖土機、卡車清淤運土及庫區抽泥的景象，請大家不要擔心，這即是為了延長水庫壽命的特殊「空庫防淤」操作唷！而且在每年9月11日以後，阿公店水庫就會開始越域引取旗山溪的豐沛水源，庫水就會逐漸提升至滿庫狀態，持續供給民生及灌溉用水了！