石門水庫自53年正式蓄水啟用，歷經數場大型颱風造成嚴重淤積，截至112年12月止，水庫淤積量已達1.045億立方公尺，佔原水設計庫容3億912立方公尺之33.9%。
民國74年開始採用抽泥船在石門水庫壩前各重要進水口附近展開第一期抽泥浚渫清淤工作。由於水庫抽泥浚渫屬高水深(滿水位抽泥深度達85公尺)、大揚程(低水位泵送揚程達50公尺)，早期石門水庫抽泥浚渫每年度抽泥量僅約30萬立方公尺，後經抽泥相關的設施及工法技術適時檢討改善，抽泥浚渫效率才逐漸提升，108年首度突破100萬立方公尺，達到116萬立方公尺。
113年度石門水庫抽泥浚渫目標390萬立方公尺（加上陸挖60萬立方公尺，年度清淤目標450萬立方公尺），目前除了壩前及大灣坪水域共兩艘抽泥船進行抽泥浚渫作業外，阿姆坪抽泥船於113年2月19日組裝完成正式加入抽泥浚渫行列，經由水庫上、中、下游共3艘抽泥船進行抽泥浚渫作業，可讓每年平均入庫泥砂量約342萬立方公尺進出平衡，庫容甚至稍微回復，達成延長使用壽命目標。
石門水庫抽泥浚渫淤泥之處理方式包含沉澱池暫置(滿池翻曬後清運至臺北港收容)、後池及下游河道放淤、阿姆坪沖淤池放淤等，截至113年3月31日第一季已完成75.84萬立方公尺抽泥浚渫清淤量，已達成今年度第一季規劃目標量60萬立方公尺，並持續朝抽泥浚渫390萬立方公尺的年度目標邁進。