為瞭解甲仙攔河堰上、下游周邊水域的生態環境，南區水資源分署(以下簡稱南水分署)於今(113)年進行了蓄水範圍的生態調查，希望可以建立堰壩周邊水域生態維護管理之基礎數值，做為甲仙攔河堰管理中心未來規劃相關生態監測方法之參考。
因應甲仙堰上游旗山溪的溪流環境，本次調查方法使用手拋網法、蝦籠陷阱誘捕及垂釣法，總共記錄了4科9種魚類，2科4種蝦蟹螺貝類，水生昆蟲4目6科，浮游植物5門26屬，浮游動物2門5種。9種魚類中，有8種臺灣特有種魚類在此安居樂業，分別是臺灣間爬岩鰍、臺灣石魚賓、臺灣鬚鱲、高身小鰾鮈、高身白甲魚、高屏馬口鱲、何氏棘䰾和南臺吻鰕虎，這些獨特的魚兒們有著牠們獨特的生存方式和美麗的外型：
- 臺灣間爬岩鰍：棲息於北部及西部河川的中、上游較湍急河段，底棲性，扁平的身體可緊貼在石頭上。
- 臺灣鬚鱲：普遍分布於西部中、上游河川，喜愛清澈及流速較為緩慢的水域。
- 南臺吻鰕虎：底棲性，喜愛瀨區及潭區等水域。
- 臺灣石魚賓：原本主要分布在臺灣西部的溪流，喜愛棲息於水流較為湍急、高溶氧的水域環境，但由於人為因素的影響，如今牠們已經廣泛出現在東部的溪流中。
- 高身白甲魚及何氏棘䰾：原來是南部和東部流域的獨特魚種，但近年來因人為的關係，也能夠在中、北部的河川中目睹牠們的蹤影。
- 高屏馬口鱲：僅分布於高屏溪流域和恆春半島的溪流中，喜好低溫且潔淨的水域。
透過這次的調查結果，甲仙堰並未對魚類造成縱向阻隔影響，其中發現高屏馬口鱲的蹤跡，更說明旗山溪之甲仙堰河段水質狀況一級棒！為了讓這些生物們能夠健康快樂地成長，南水分署保留自然河道的多樣地貌，避免過度硬化與水泥化，全力營造適合生物棲息的環境。同時也需要大家共同減少汙染和參與生態保育，一起努力讓旗山溪的生態環境更加美好！