政府組織改造之後，水利署揮別經濟部，移入環境資源部幾已成定局，為表達關懷之意，經濟部於本(102)年10月8日蒞水利署組改關懷，瞭解本署籌備情形及針對亟須經濟部協助的問題進行說明。
組改關懷列車由經濟部杜紫軍次長擔任領隊，率同研究發展委員會（組織調整及綜合規劃業務）、人事處（員額及權益保障業務）、法規委員會（法制業務）、會計處（預決算業務）、總務司（財產及檔案業務）、資訊中心（資訊業務）等單位主管一行9人參與；水利署由楊署長率一級主管、各組室主管及所屬機關首長等計40人列席與會座談。
關懷列車座談會由經濟部杜次長主持，在完成經濟部各單位人員介紹，並由水利署綜合企劃組李組長就本署業務職掌與組織架構、組織改造規劃現況、及請求協助事項簡報後展開綜合座談。
簡報說明水利署目前的組織架構：102年預算員額2,295人(署本部464人、所屬機關1,831人)，內部單位(15個)－8組(綜合企劃組…….)、5室、1隊、1中心(水利防災中心)，所屬機關(15個)－1水源特(台北水源特定區管理局)、10河川局、3水資源局、1水規所(水利規劃試驗所)，未來組改後組織架構內部單位由原先15個調整為12個，惟目前環境資源部及所屬機關組織法草案，仍於立法院審議中。
此外，利用本次關懷列車座談機會，水利署請求協助事項計有下列3項，分別為：一、建議本署副總工程司維持現有職務列等「簡任第10職等至第11職等」，二、建議維持現行官等職等員額配置，三、建議未來本署移撥環資部人力應分階段、分期逐步完成，非按比例強制一次移撥。
水利署仍強調說明：近年旱澇交替頻繁，水利署執行預算較往年遽增，人力卻未對等增加，所有同仁長期過量工作，心力交瘁。五都成立後，其水利職系職等大幅提升，中央水利人才逐漸流失。組改後，如依銓敘部建議及強制一次移撥，恐更不利留住優質水利專業人才。
座談在杜次長及人事處吳處長勉勵後結束，整體而言，本次座談會的目的係配合行政院組織改造，瞭解水利署－經濟部移出機關所遭遇各種組織調整問題，人員與組織文化調適情況，期透過本關懷列車之辦理，表達關懷之意，並藉由提供必要協助，協助水利署與考試機關之溝通協調。