水利署自103年間廢止「經濟部
水利事業工程用地核發獎勵金及救濟金要點」，並停止適用「
經濟部水利署興辦水利工程使用
河川及區域
排水公有土地救濟方案協商原則」，將後續工程相關救濟措施回歸各直轄市、縣（市）政府相關規定，以維持與地方政府法律秩序之一致性。
惟基於信賴保護原則，目前停止適用及廢止前倘屬仍續辦理之用地取得或已承諾辦理救濟等案件至106年底止尚未完成之案件如下，已簽報經濟部同意續予沿用：
1.
水里溪北埔
堤防河川環境改善工程用地。
2.
石門水庫防淤隧道工程計畫(第一階段)-阿姆坪防淤隧道工程。
3.用地、後池
堰下游河道整理工程用地。
4.雙溪
水庫工程計畫用地。
5.大安大甲水源聯合運用輸水工程用地。
6.
烏溪鳥嘴潭
人工湖工程用地。
7.士文
水庫工程計畫用地。
上開案件範疇以外者，除回歸各直轄市、縣（市）政府相關規定外，爾後個案工程如尚有特殊救濟需要，再另案以個別簽報方式處理。