水利署及所屬110年度公務預算截至10月底止歲入歲出執行結果，110年度歲入執行率為89.83%，主要係工程及一般採購案廠商違約逾期完工或交貨案件之逾期違約金較預期減少；收回以前年度補助地方政府繳回之賸餘款、工程有價料剩餘價值及電子採購領標工本費等較預期減少所致；110年度歲出執行率為85.54%，主要係「緊急抗旱水源應變計畫2.0」工作陸續已完成，因部分工程與採購案件尚在辦理驗收程序中或廠商尚未提出請款，致影響計畫預算執行。
以前年度歲入執行率為1.47%，主要係違反水利法案件因行為人無能力、不願繳納或提行政訴訟，尚未繳納罰款所致；以前年度歲出執行率為92.78%，主要係本署雲端運算中心主體建築驗收列有待改善事項；公有危險建築補強重建工程尚在辦理驗收作業中；重要河川環境營造計畫部分工程廠商尚未提出請款，及依契約規定留存之工程估驗保留款等，致預算執行落後。