為確保湖山水庫水源安全，經濟部於106年1月24日劃定公告湖山水庫庫區及桶頭堰上游南投竹山、雲林斗六及古坑部分地區為水質水量保護區，計68.40平方公里。至於未完成公告地區，由中區水資源局持續透過與地方民意代表、利害關係人持續溝通說明，並投入前瞻計畫經費，與嘉義縣政府共同執行上游水源保護措施，終獲部分地區共識，分別於108年4月15日公告增納嘉義縣阿里山鄉地區、111年3月4日公告增納梅山鄉部分地區，保護區面積增加為200.45平方公里。
在尚未完成全區劃定公告前，水利署亦將持續加強與地方協調溝通，同地方政府合作，全區優先執行上游水源保護方案，減少水源污染的風險，確保湖山水庫水質，維護民眾用水安全。