草鴞(Tyto longimembris)為瀕臨絕種保育類野生動物，於二仁溪臺南市週邊地區由下游到上游皆有調查記錄，關廟地區除了現場目擊外，另發現草鴞築巢區域，以中下游河段為主要發現區域。草鴞喜於農耕地、牧草地及河川高灘地等高草區域活動，二仁溪中游兩岸多為高灘地及高草地，為草鴞適合之棲地類型。
而二仁溪中游段(縱貫鐵路橋~南雄橋河段)現況土地多為農業使用，治理策略上以不建設堤防，採用疏濬、河道整理維持通洪能力為原則辦理，又因二仁溪上游屬泥岩地質，其土質遇水易遭沖刷至河道中，泥砂帶至中下游河道後易淤積，進而影響通洪能力，故有持續辦理河道整理、疏濬之防洪需求。
對於河川治理工程施作，可能影響草鴞等野生動物之棲地環境，第六河川分署(以下簡稱六河分署)於112年10月6日辦理「工程施作與草鴞棲地營造共學工作坊」，邀請臺南市野生動物保育學會曾翌碩總幹事擔任本次工作坊講者，並邀請野生動物保育主管機關林業及自然保育署嘉義分署、屏東分署，以及在地NGO團體共同參與，於活動中以「草鴞棲地需求、維護、營造管理」為主題，進行草鴞棲地與河川高灘地之關係解析，透過理解草鴞的覓食、繁殖等行為，分享於河川高灘地進行棲地保育工作，以及工程施作時同步施作增加生態服務之可能。
本場活動除講者專業知識的分享、各單位的工程及保育工作經驗分享外，可透過本場活動做為跨機關合作之開頭，後續六河分署將辦理「二仁溪草鴞保育及棲地營造試辦計畫」，並與林業及自然保育署嘉義分署協商設備借用，透過跨領域的方式進行，啟動小型的棲地守護企劃，以評估其可行性，同時持續進行資訊公開和民眾友善措施的宣導工作，這將有助於保護生態環境，並持續辦理滾動式修正，盼在跨機關的合作及公私協力下，達成防洪需求時亦達成友善生態之經營策略。