三爺溪排水系統位處臺南市仁德區、歸仁區、永康區、東區、南區內，集水區面積約63平方公里，排水幹線長度約13公里，排水路由北朝南流匯入二仁溪右岸。三爺溪排水系統淹水災害主要原因為通水斷面及堤岸高度不足致使洪水漫溢，主要改善對策為排水路疏浚、拓寬整治或堤岸加高，並配合多功能滯洪池設置等，以達區域排水之設計保護標準。
三爺溪排水系統於「易淹水地區水患治理計畫(95-102年」已完成主流中游段左岸加高、仁德滯洪池及上游段應急工程，另支流上崙排水、後壁厝排水、仁德排水、大甲排水、太子廟排水、一甲排水及大灣排水亦已完成局部應急加高工程。目前針對三爺溪排水瓶頸段萬代橋至鯽潭橋渠段辦理護岸改善，其中主流萬代橋~一甲排水渠段現正由第六河川局辦理施工中，一甲排水~土庫溝排水渠段則辦理設計發包中，另土庫溝排水~鯽潭橋渠段辦理用地取得作業。另為配合萬代橋~一甲排水瓶頸渠段拓寬交通部高速公路局已於104年度編列經費辦理一號高速公路仁德交流道北上匝道改建工程。
三爺溪排水整治前於94年612水災時，1小時雨量為52mm，24小時雨量為255mm，淹水面積達585公頃，淹水深度約0.7公尺，淹水時間長達1天。近年經相關工程整治之後，103年0807豪雨1小時雨量達91mm，24小時雨量達301mm，遠超過94年612水災，淹水面積僅318公頃，淹水深度約0.3公尺，淹水時間僅3小時。整體減少淹水面積約267公頃，淹水深度約減少40公分，縮短淹水時間約21小時，顯示三爺溪排水系統納入易淹水地區水患治理計畫中治理後改善淹水情形成效顯著。而後續相關治理工程陸續完工後，將可再擴大前期整治成效；進一步降低淹水災情。