為加速「
流域綜合治理計畫」推動，
水利署於去
(104)年9月初啟動第二期治理工程勘評作業，歷經馬拉松式三個月的密集進行，於104年11月底完成全國18個直轄市、縣(市)政府提列之治理工程勘評。
本計畫總經費660億元，計畫期程為103~108年，其中由
水利署辦理縣(市)管河川及區域排水經費為420億元，分6年三期執行，第一期(103年至104年)，第二期(105年至106年)，第三期(107年至108年)。主要目標為改善淹水面積320平方公里，增加保護人口120萬人。
本計畫第二期治理工程預計主要辦理
改善之
排水系統有南投縣外轆
排水系統，彰化縣石笱
排水、花壇
排水，雲林縣舊
虎尾溪排水系統、馬公厝
排水系統、大義崙
排水系統，嘉義縣荷苞嶼
排水系統、龍宮溪
排水系統、六腳
排水系統，台南市麻豆
排水、鹿耳門
排水系統、永康
排水、高雄市典寶溪
排水系統、北屋
排水，屏東縣
牛稠溪排水、東門溪
排水、
武洛溪排水系統等。
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後續
水利署將彙整勘評結果並召開檢討會，研擬治理工程執行計畫書，提報
流域綜合治理計畫審查工作小組審查及報經濟部核定後據以執行，期能加速
改善淹水情形，達成計畫預期目標。