審計部97、98年度中央政府總決算審核報告指出，部分機關因內部控制機制未臻健全間有施政效能不彰、投入鉅資興建設施閒置浪費及未依法制執行預算等，致有重大弊案陸續發生，建議強化政府內部控制機制，主計總處於99年底成立「行政院內部控制推動及督導小組」，強化行政部門之縱向協助及橫向聯繫，以簡明有效方式推動內部控制，
經濟部水利署依照行政院頒訂之政府內部控制作業要點，於104年8月簽奉成立「內控小組任務、組成架構」，
第四河川局也訂定內部控制制度，為推動
流域綜合經理、穩定供
給水資源，並打造讓民眾「安全、安心、安居」之水環境，訂定整體發展目標如下：
(一)因應異常
氣候變遷：減緩衝擊、提升適應及零犧牲
撤離。
(二)配合國家整體發展：提供質優穩定之水源及建構完善之
防洪與
禦潮避難機制。
(三)塑造優質水文化及水環境：水利建設因地制宜，並在防災治水前提下，能兼顧環境與生態維護。
並由機關內部全體人員整合五項內部控制組成要素，共同參與設計及執行之管理過程，藉以合理確保達成內部控制目標。
政府內部控制相關規制已臻完備，惟有效的內部控制仍需各機關全體人員共同參與積極推動並落實執行，機關首長與高階主管對推動及落實內部控制之重視與支持，透過親身示範導入正向施政理念及行動風格，帶領所有同仁建立正確觀念，並內化深耕於組織文化中，是內部控制工作能順利推展之要件。
政府內部控制有賴各機關首長支持且全體人員共同參與，藉以預防或減輕危害機關的情事發生，協助達成施政目標並提升政府整體形象。