臺灣各水庫集水區由於人為經濟活動高度介入，氣候變遷加劇，自然環境極端化影響，水庫集水區土砂崩塌與水質優養化等問題逐漸浮現，因此水利署於前瞻基礎建設-「水與發展」建設計畫納入加強推動水庫集水區保育治理工程等建設。
針對水庫水質優養化問題，水利署自民國100年起即陸續於翡翠水庫、石門水庫、曾文水庫、阿公店水庫及金門金沙水庫等水庫上游集水區推動低衝擊開發(Low Impact Develop,LID)工程概念，以草溝、植生滯留槽與人工溼地等低衝擊開發設施，現地削減集水區農業土地產出的非點源污染，推廣至今績效顯著，各設施均能發揮削減效益。
水庫集水區低衝擊開發設施規劃設置，係以污染源頭處理方式，達到水質淨化改善，藉由小區塊農地設施，化整為零，讓各處出流皆清淨，以改善入庫水體水質；近年來，水利署更持續發展因地制宜改良型低衝擊開發設施，以適應臺灣山高水短的集水區特性，及離島湖庫型水庫等狀況。
以離島馬祖地區南竿鄉勝利水庫集水區為例，水庫上游集水區早期軍方佈署規劃，高度密集使用集水區土地資源，致水源水質污染，經勘查環境現況，正好可以導入LID規劃理念，本署規劃設置改良型LID草溝設施-砌石透水鋪面，成功透過物理性過濾攔阻及石縫間植生的吸附與微生物降解，削減部分污染量體(總磷與懸浮固體)。