水利署早期的機房，因為是利用辦公室的房舍進行建置，在空間、電力系統及空調散熱的設計及使用上受到許多的限制，而且在主機虛擬化的技術尚未發展之前，各應用系統需獨立安裝於個別主機上，因此伺服器主機數量眾多，而且分散於多個小型機房，在節能及伺服器主機管理上並不理想，分散型的服務建置，也不利於網路資安架構的部署。
在虛擬化平台的技術成熟起，水利署便進行評估及導入，朝向機房集中共構並進行主機虛擬化的作業。
機房共構主要用意是將分散各地的機房加以集中安裝擺放，使用共同的空間及電力、空調等環境設施，並得以集中建置管理，以提昇空間、電力、空調等設施的使用效率，而減少機房的收量也有利於管理。
主機的虛擬化是將單一伺服器主機，架構虛擬主機平台，供多個作業系統同時安裝於此平台上同時運行，達成多個系統共用一套伺服器硬體設備的作法。藉由此作法，讓單一台硬體主機的CPU、記憶體、儲存體及網路等硬體資源由多個系統來共享使用，可大幅減少實體主機的建置數量，不管在實體主機的購買建置及維護、電力及空調的消耗等、皆有大幅度的節省。
水利署自民國98年起同時啟動機房共構及主機虛擬化的作業，於中華電信文心IDC機房租用機櫃作為共構機房，導入VMWare虛擬作業平台開始進行主機虛擬化，將個別的應用系統主機進行集中虛擬化轉換至虛擬平台主機，並將老舊主機進行汰除作業，陸續減少實體主機及辦公區小型機房的數量。
導入至今，水利署主要的共構機房除中華電信IDC機房外，尚保留有台中辦公區4樓機房及台北辦公區10樓機房，使用的實體主機數量約有27部，而運行在上的虛擬主機則高達約300部。
機房進行集中之後，署內各單位使用應用系統及上網等更需借助網路進行連結，共構的系統越多，則所需的網路頻寬需求也更大，因此為因應日益成長的流量，導入中華電信IP-VPN網路，用以連接全省各河川局等所屬單位及台中、台北、文心IDC等3大機房，使網路接續更為順暢。
後來因為各單位上網需求持續增加，為求更為穩定及順暢的上網品質，在108年初將整體上網線路調整遷移至文心IDC機房，增加對外的頻寬，也簡化對外服務多出口的管理。
目前水利署機房共構的架構已行之有年，除了主機環境之外，在儲存設備、備援及網路資安等相關配套部署皆也持續配合進行。未來發展方向將朝向雲端機房的目標進行，目前已開始進行超融合主機系統的導入，進一步簡化管理及提昇整體資源的使用及調控監視，計畫朝以下目標規劃：
1.高可用性的加強：
增加服務及線路的高可用性，如備援線路及負載平衡設備的規劃。
2.安全性的加強：
加強伺服器區的安全防護，如東西向防火牆的防禦策略。
3.系統清點及退場退役機制：
清點少用或可退役系統，減少資源耗用。
4.整併共通性高的系統：
加強共用性系統的服務，減少重複投資。
5.傳遞效率加強：
增加雲端機房傳輸效率，加快機房運作效率。
6.儲存及備援的強化：
導入效率高的儲存系統，增加系統運作效能，導入儲存備援機制以加強災害復原能力。
機房的集中及綠能、資安等，都是政府機關需持續增進加強的重要事項，水利署自導入共構機房架構起也持續維運並進行強化改善，務必要能與時俱進，將持續關注最新科技，評估導入的助益，持續加強完善。