水源保育與回饋費自95年度開徵以來，年徵收經費已由10.70億元逐漸成長至108年的13.59億元。108年度共計向自來水用戶附徵13.10億元；一般水權人徵得3,147.4萬元；農業用水者由經濟部及農委會分別編列預算補助，計有1,815.8萬元。統計各標的徵收經費佔比如圖1，以家用及公共給水徵收經費(佔95.76%)為最大宗，其次為工業用水(佔1.70%)、農業用水(佔1.32%)及水力用水(佔0.66%)，分居第2、3及4位，其他用途合併計算之徵收經費則僅佔0.54%，為最小比例之徵收來源。
圖1 108年度水源保育回饋費徵收經費佔比統計（按各用水標的）
108年度徵收經費超過1億元之保護區共計3個，分別為新店溪青潭、高屏溪及石門水庫保護區；徵收經費介於5,000萬至1億元之保護區共計6個，分別為石岡壩、苗栗縣鯉魚潭水庫、板新給水廠、新竹縣頭前溪水系、南化水庫及曾文水庫保護區，其他保護區徵收經費皆在5,000萬以下。
108年已辦理保護區內非營利之家用自來水水費減收1.61億元，扣除自來水事業手續費及水利署行政費後，計有10.93億元之回饋費可撥付予地方政府運用。另外，水利署亦再次修正「水源保育與回饋費計畫提報分類表」，增列老人送餐服務、長期照顧補助、保護區巡查費用、災害緊急應變時期所需之民生物資等支用項目，以擴大對偏鄉地區居民照顧，提升地方政府水資源保育暨防災能量；另針對原住民或生活艱困家庭定額扶助金與交通補助費等，視地方需求及執行方式得簡化核銷程序，以落實「受益者付費、受限者得償」之精神。