水庫屬國家關鍵基礎設施之一，是台灣經濟及民生命脈，為維持庫容並延續水庫壽命，經濟部105年核定「水庫庫容有效維持綱要計畫」，專案列管13重要供水水庫以120年前淤積零成長為目標，106年起結合前瞻計畫加速執行，恢復庫容確保穩定供水已是現在進行式。
每年颱風豪雨挾帶沖刷集水區巨量泥沙，是造成臺灣水庫淤積的主因，過去，採用水庫庫區清淤方式減淤，雖歷年清淤量總計達1.7億立方公尺，但仍不及颱風豪雨淤積速度；現今，水利署積極與各部會及地方政府整合水土林共同合作，除上游集水區保育治理減少泥砂量外，中下游庫區亦透過水力排砂、陸挖、抽泥、下游還砂於河及淤泥多元化利用等方式，多管齊下並逐年加大清淤力道，經各水庫管理單位積極執行水庫整體防淤方案，石門、曾文及南化等水庫淤積情形較近年平均淤積量減少3成以上，庫容維持工作已顯有成效。
水利署依前述綱要計畫及滾動檢討擬定各水庫實施計畫，策定各水庫清淤年度目標，約每2個月邀集13座水庫管理單位召開水庫清淤進度檢討會議，及每季召開水庫庫容有效維持實施計畫管考會議，以協助及督導各水庫管理機關達成年度目標，今(109)年清淤工作持續朝最大化方向執行，年度清淤目標量提升至1,273萬立方公尺(不含水力排砂)，在各水庫管理單位利用枯水期間增加清淤執行能量，透過陸挖、抽泥及放淤等多面向加速下，至7月下旬實際執行達986萬立方公尺(不含水力排砂)，執行率達137%，並掌握先前梅雨鋒面執行水力排砂17.53萬立方公尺，不間斷加速恢復庫容。
經過近年各部會及各水庫管理單位在水庫永續理念努力下，原訂120年達成之淤積零成長目標，將提前於109年開始逐年讓這13座最關鍵水庫展現淤積零成長成果。以石門水庫為例，預估平均年來砂量為353萬立方公尺，109年度陸挖及抽泥目標量290萬立方公尺，水力排砂目標量117萬立方公尺，清淤量將可大於來砂量逐年恢復庫容。
除各水庫整體防淤工作正持續進行，水利署更透過積極建設水庫水力排砂防淤設施，已完成石門水庫發電鋼管改造成排砂隧道、曾文水庫防淤隧道、白河水庫防淤隧道等，未來南化水庫防淤隧道及石門水庫阿姆坪防淤隧道預計110年完工、白河水庫繞庫防淤隧道預計112年完工，將可提高水庫於颱洪期間防淤能力，以因應未來氣候變遷極端降雨挑戰，逐漸恢復庫容及確保永續經營。