109年曾文水庫面臨台灣56年來最大乾旱，南區水資源局把握枯水期持續以多元方式加速清淤，除傳統陸挖及河道疏通方式外，另增加抽泥及水運方式以擴大清淤能量，年清淤量已從民國99年的80萬立方公尺逐年提升至109年達390萬立方公尺，不僅達成水庫淤積零成長，更較去年增加155萬立方公尺庫容，未來將再加強清淤能量，期逐年恢復庫容。
目前臺南地區民生及產業用水主要由南化水庫、曾文水庫與烏山頭水庫供應，3座水庫110年1月10日合計蓄水量為1億5,079萬立方公尺，除民生及產業用水無虞外，二期稻作亦已順利完成供灌。南區水資源局將持續日日監看水情，適時邀請各用水單位檢討供水措施，並加速清淤進度，以確保臺南地區用水無虞。
水運清淤—拖船與運土船
目前清除之淤泥先暫置於曾文水庫二號橋上游段，並透過南區水庫清淤土方媒合平臺供其他機關申請。另外民眾如有需求，南區水資源局將無償提供，可於申請核准後自備機具採取，以多元方式加速去化水庫淤泥。
二號橋上游淤泥暫置場—無償提供民眾申請使用