第八河川局自91年辦理揚塵防制工作，101年開始以施作水覆蓋為主，期間使用不同工法施作，直至100年在卑南溪出海口以大型土堤大面積圍水方式抑制揚塵，大面積的圍水確實有效防制揚塵發生，但大型土堤易因上游大雨導致土堤沖毀，土堤沖毀後出現大面積裸露地，在土堤尚未修復蓄水前，裸露地已有揚塵發生；在前主辦工程司經過檢討改進後，101年改以小面積圍水，即便發生上游降下大雨，部分土堤仍完整，重新引水即可恢復抑制揚塵功能，增加施工機具修復部分沖毀土堤，完成後的土堤遠看狀似梯田，故以梯田式水覆蓋命名，使用小面積圍水之梯田式水覆蓋(下稱水覆蓋)後，成效相當顯著，並擴大使用範圍，由卑南溪出海口至電光大橋上游(如圖一)，水覆蓋施作面積也由最初的81公頃增加到670公頃(如圖二)。
水覆蓋在卑南溪出海口之成效，讓臺東縣民眾感受到空氣環境有所不同，臺東縣議會提出卑南溪上游也須施作水覆蓋以提升卑南溪上游民眾生活品質，經現勘後，擇定電光大橋上游施作水覆蓋，於104年開始在電光大橋上游施作水覆蓋；沿著卑南溪往上游兩旁都種植稻米，可以看到卑南溪的水都被引到農田水利署所設置的9個圳口，提供二期稻作及其他農業用水，越上游稻米種植面積越大，水量需求也越大，水量需求越大卑南溪上游河道裸露面積也越大，每年1月到4月的枯水期甚為嚴重。
為解決上游水覆蓋缺水問題時，意外發現乾掉的水藻包覆在沙土上，在砂土表面上形成一種保護膜，在風吹襲下確實有效抑制揚塵，在發現此一現象後，上游水覆蓋可養藻抑制揚塵，為慎重起見，開始上網查找相關資料及詢問臺東大學教授該水藻是否對水體有害，所得到的訊息皆為無害，105年在電光大橋上游開始著手蓄水養藻，水藻生長在水體水溫越高生長越快，但為維護溪水內動物生態，臺東大學教授建議水深30~50公分，不影響溪水內動物生存，也可以讓水藻穩定生長，得到相關養藻資訊後，找來廠商與怪手司機討論養藻工作，上游河道地形高低起伏大，儘量在土堤內水深保持在30~50公分，確保土堤內能養出一大片水藻(如圖三、圖四)，施作後在枯水期間有效抑制揚塵。
在多次施作後，蓄水養藻已是上游揚塵抑制的第二道防護層，為確保1月~4月枯水期不發生揚塵，需在12月中(豐水期)以前完成水覆蓋工作，為期2周以上引水以蓄水養藻，有大量水藻可有較厚的水藻附在沙土表面，使抑制揚塵時效更長。