為維護改善河川水體水質，並提供各界瞭解週遭水體環境現況，行政院環境保護署(組改後為環境部)在重要河川皆定期進行水質監測，就懸浮固體、生化需氧量、水中溶氧量及氨氮等4項檢測結果依理化積分法估算污染長度。依據環境部112年年報統計，25條重要河川共2,257.8公里長度中，其中未(稍)受污染為1,356.8公里占60.1%，輕度污染323.8公里占14.3%，中度污染515.8公里占22.8%，嚴重污染61.5公里則占2.7%。若與上年比較，未(稍)受污染比率下降5.5個百分點，輕度污染比率及中度污染比率則依序增加3.8及2.5個百分點，而嚴重污染比率雖然下降0.9個百分點，但整體資料顯示111年重要河川污染程度仍較上年嚴重。
若觀察106年至111年統計資料，河川未(稍)受污染比率呈逐年下降趨勢，由106年73.2%下降至111年60.1%；輕度污染比率與中度污染比率則皆呈逐年上升趨勢，並於111年達近6年新高，分別為14.3%及22.8%；嚴重污染比率則在3%左右跳動，至111年下降至2.7%為6年新低，顯示嚴重污染河川狀況有所改善。
河川方面，嚴重污染比率以二仁溪30.9%為最高，北港溪17.9%次之，阿公店溪16.7%則居第三；此外，蘭陽溪、卑南溪及和平溪水質較為乾淨，其未(稍)受污染比率均為100.0%。