過去傳統的河川疏濬都以挖除河床淤積土石的方式來增加通洪面積，然而形成一個平整的河床，使原本作為魚類避難的潭瀨水域、或作為生物棲地的高灘地因此完全消失。
然而近年來河川治理已經將生態保育措施納入考量，設計上除了應用傳統的水理計算外，也將生態棲地及敏感區域列為保護對象，施工前會邀請生態專家、水利專家到現場一起找出大家都可以接受的解方。
第八河川分署(以下簡稱八河分署)112年在鹿野鄉卑南溪后湖地區辦理的疏濬工程為例，因該河段山坡地土石經常崩落，造成河床淤積而形成通洪瓶頸，然而啟動疏濬作業時，由於近年來氣候的穩定，河灘地已有大面積的植生覆蓋，同時也發現保育動物的足跡，在兼顧生態及防洪的需求下，八河分署邀請生態與水利專家到現場共同研商，最後採行的工法是迴避生態敏感區，並透過疏濬面積及深度的調整來維持土石清除量，疏濬過程中也盡量不進行擋水跟移水，同時長達7公里的河床便道為了不影響周邊的綠覆地，都由監造同仁帶著施工廠商沿河床裸露地一步步踏勘來標示確認。
最後疏濬工程在7月完工後隨之而來的連續颱風豪雨，到目前為止都能安然度過，顯示「疏濬」與「生態」是可以找到一個平衡點，河川治理的同時也能讓溪流永保自然。