為維護自來水供水品質、強化供水水源穩定，經濟部依自來水法規定劃定107處水質水量保護區，水質水量保護區內取用地面水或地下水應繳交水源保育與回饋費，徵收費率每立方公尺0.5元。經統計112年徵收經費約14.04億元，徵收來源主要為自來水事業用戶，由台水公司及臺北自來水事業處隨水費附徵，約佔96%，共計徵收約13.47億元；另於保護區內取用地面水或地下水之2,330筆水權，用水標的為農業用水水權之回饋費由經濟部與農業部編列預算補助，其餘由水利署(以下簡稱本署)自行徵收，共計徵收約5,712萬元。前述徵收用水標的以家用及公共給水為最大宗，次之分別為農業、工業用水。(如圖)
依自來水法第12條之2規定，保護區內非營利之家用自來水費得減半收取，112年度由回饋費支應水費優惠減收約占1.62億元，扣除徵收作業費用後，計約11.34億元之回饋費，可撥付予地方運用，辦理保護區內水資源保育與環境生態保育基礎設施、公共福利回饋及受限土地補償相關事項。
水源保育與回饋費係依水權人自行填報之實際取用水量進行核算，為查核水權人是否誠實填報，避免僥倖逃漏情形，每年度本署擬訂水源保育與回饋費徵收計畫進行抽查，就填報量低於水權核定量、繳費情形異常及隨機抽查等案件，邀集水權主管機關及水權人共同進行現勘查核，本(113)年度總計抽查37件，倘有取用水量填報不實情況，將依自來水法規定要求補繳水源保育與回饋費，以落實「受益者付費、受限者得償」之精神。