水利署各河川分署自民國108年起全面辦理工程生態檢核，至今已邁入第六年，除了將工程核定、規劃設計及施工階段生態考量納入，近年也開始執行維護管理階段，回頭檢視辦理生態檢核的成效，及工程完工後生態環境回復的情形，從過往經驗中學習，為生態檢核持續前進指引方向。
以「宜蘭河壯圍堤防(中央大橋下游段)高灘地保護工程」為例，工程對生態環境最主要的影響在濱溪帶植被的擾動，第一河川分署(以下簡稱一河分署)於完工一年後以維護管理階段生態檢核進行評估，評估結果顯示生態最敏感的濱溪帶植被覆蓋度回復狀況良好，提供動物棲息躲避空間，保留了重要的生態功能。
再以「宜蘭河永金一號橋下游段河川環境改善工程」為例，工程將擾動範圍限縮在高灘地，保留了濱溪植被，透過維護管理階段生態檢核，顯示濱溪植被的保留提供魚類及鳥類穩定的棲地。此外，針對後續環境維護，生態檢核團隊也提出相關建議，如鋤草時迴避的區位等等，並將相關意見提供給地方認養單位進行維管工作時亦能兼顧生態面。
由於維護管理階段生態檢核較難與工程的程序扣合，透過近年的辦理經驗瞭解到生態保育措施的成效，需要完工後的持續維護或監測才得以展現，為此，一河分署除了持續辦理核定、規劃設計、施工階段生態檢核，也納入維護管理階段，達到實質的全生命週期生態檢核之落實，以打造人水共榮環境為目標。