為推動鹽水溪治理工程，以達成鹽水溪整體治理保護標準，水利署第六河川局於民國95年起籌編經費，辦理工程用地取得以及整治工程，陸續完成鹽水溪西勢堤段防災減災工程、鹽水溪開運橋至新灣橋段堤防工程、鹽水溪西勢崙頂堤段防災減災工程、鹽水溪媽廟埤子頭堤段防災減災工程，其範圍含括鹽水溪新灣橋至大昌橋間所有堤防均已辦理完成。
除已完成上述整治工程外，並仍持續往鹽水溪上游河段辦理，目前正推動鹽水溪大昌橋至七甲橋段防災減災工程，該河段現況尚未整治，河道斷面不足，影響通洪。為疏導水流及增加通洪斷面，以避免汛期間該河段溪水溢堤，第六河川局於民國103年已辦理工程用地取得協議會議，後續於完成工程取得後，將進行整治工程，以舒緩當地淹水問題。