彰化縣政府及雲林縣政府已於102年12月31日完成既有水井申報納管作業，兩縣共計納管31萬5,783口水井，遠大於前期調查之18萬餘口水井。
依照水利署102年10月8日函頒「雲彰地區水井管理處置作業原則」規劃進程，水利署將與農委會自103年起共同協助彰化縣政府及雲林縣政府籌應經費，以2至3年期間辦理納管水井複查工作，依序由黃金廊道範圍鄉鎮、嚴重地層下陷地區鄉鎮、地下水管制區鄉鎮、非地下水管制區鄉鎮等，陸續實地確認其使用狀態、規格後，裝置辨識標籤，以建立後續管理之重要基礎資料。另納管水井申請人應依彰化縣政府及雲林縣政府複查公告行程及注意事項，於指定時間地點備妥必要文件資料，配合現場調查人員導引完成複查作業並簽章確認，符合必要條件者將可優先列入輔導對象，未於兩縣府公告期限內配合完成複查作業者，其納管資格將予以撤銷。
後續彰雲兩縣府將積極查緝未納管水井，經查獲確認者將於裁罰後限期填塞，並請民眾踴躍檢舉未納管水井，經查證屬實者，舉發人每口可領取獎勵金3,000元。
地下水是重要的水資源，過度使用將引發地層下陷及衍生其他災害，必須不逾其環境容許條件下有限度的使用。水利署刻正積極依水文分析方法推算雲彰各鄉鎮可利用水量及其管制目標水位，藉以協同行政院農業委員會針對地下水環境不佳區位將高耗水作物轉型為低耗水旱作、高經濟產值作物，配合補償或獎勵制度之建立及相關法規檢討修正，完成複查之納管農業水井符合農政單位認可作物，則可依程序取得合法水權登記，覈實核予水權，配合完成複查之工業及民生納管水井倘位於自來水未及處，配合用水管制及節約用水輔導，亦可依其合理用水量覈實核予水權，相關作業及其進程規劃如圖所示。
期望藉由相關部會共同努力，依水資源及地下水環境條件積極檢討調整區域產業、提高用水效率等措施，讓有地下水使用需求之民眾能有限度地合理使用地下水，逐步降低地下水使用需求並導正地下水用水秩序，永續保育地下水水資源。