石門水庫原建庫主要標的為灌溉與防洪，近年桃園地區社會經濟發展迅速，供水標的演變為公共給水與灌溉並重，水庫年運用次數高達4~5次始能滿足用水需求，然而桃園及板新地區生活與產業用水仍在持續成長，加上近年氣候變遷加劇，颱風豪雨之降雨強度有增高與延時越長趨勢，造成集水區坡地崩塌、土砂沖刷，淤積造成水庫蓄水容量減少，對民生經濟衝擊甚大，石門水庫穩定供水的功能無可替代，為了達到水庫防洪安全、穩定供水與防淤延壽目標，石門水庫必須在防洪運轉同時維持穩定供水並適當進行防淤排砂操作，而如何確保庫容為現階段及未來重要課題。
早期水庫多未興建防淤設施，石門水庫為有效解決颱風期間取水及維持庫容，已進行一系列整治改善工作，其中，電廠防淤工程為重要工作之一，電廠改善分二期工程，第一期工程係將既有電廠將2號機組壓力鋼管改建為排砂專管(或稱排砂隧道)，排砂水量由原68.6秒立方公尺提升至300秒立方公尺，可增加排砂功能，降低水庫淤積速率，延長水庫壽命。該工程民國98年12月23日開工，101年12月28日完工，102年2月5日完成有水運轉測試，為國內首座營運中進行防淤功能改善工程之水庫，並獲得工程會100年第11屆公共工程品質優良獎特優肯定。
石門水庫過去未有專用排砂設施，颱風排砂比僅約15~24%，排砂隧道啟用後，102年於蘇力、潭美颱風時之排砂比已提升至34%~37%，發揮降低庫區濁度、穩定供水與防淤延壽功效，兩次排砂合計約100萬立方公尺，若以機械清淤每立方公尺500元計算，排砂效益達5億元，相較排砂隧道工程投資金額7億元，顯示水力排砂之高經濟效益，亦可作為其他水庫提升排砂防淤功能之參考。