有鑑於社會民眾期盼政府機關能提供的服務與日俱增，及伴隨著全球化的影響，為使能與時俱進並與國際接軌，行政院主計處近年來積極推動政府會計革新工作，透過內部控制的導入，以期能達成機關推展業務的目標並提升效能。
「內部控制」為一種管理過程，藉由控制程序的遵循及控制點的監督，凡與施政活動攸關事項均屬之；另本(103)年度審計部針對水利署第四河川局易淹水計畫執行查核，亦提及績效審計更是未來審計機關督導的重點。因此，透過良好的內部控制，就消極面而言，可以防止舞弊發生，積極面而言，則可協助機關貫徹政策，提升效能達成既定目標。
會計法第95條明定：各機關實施內部審核，應由會計人員負責之。內部審核包括財務審核、財物審核及工作審核，其目的在於協助預算執行符合法令規定，保障資產安全及提升效能。由於內部審核工作長久以來係由會計人員執行，造成誤以為內部審核即是內部控制，以致對會計室人員期許過高。事實上，會計人員執行內部審核，在於協助內部控制目標的達成，而不能取代所有的內部控制，因為內部控制與機關內的每一個成員皆有關係，同仁對於內部控制之正確認知，對於推動內部控制的成敗實為重要。