經濟部於103年8月8日召開「流域綜合治理計畫推動小組」第一次會議，由水利署報告「流域綜合治理計畫推動策略及執行情形」並由出席委員提出相關意見及建議，作為後續計畫推動之參考，目前水利署已會同地方政府完成第一期工作計畫之勘評程序，預計於103年8月底召開審查工作小組會議，同時送請推動小組備查及經濟部核定後，即可進行第一期工程計畫之設計及發包作業。
行政院於103年4月16日核定修正「流域綜合治理計畫(103-108年)」，計畫分三期編列特別預算660億元，其中經濟部420億元辦理河川及區域排水、內政部90億元辦理雨水下水道、農委會150億元辦理農田排水、水產養殖排水、農糧作物保全、上游坡地水土保持及治山防洪，第一期(103-104年)通過之預算計126.49億元，經濟部分配數為58.35億元。
有關計畫執行及管考機制部分，經濟部已於103年5月27日訂頒「流域綜合治理計畫推動小組設置與作業辦法」，辦理流域綜合治理計畫之審查、督導、管制考核、政策協調、研究發展與人才培訓等相關事項，並下設審查工作小組及考核工作小組，協助辦理流域綜合治理計畫之審查及考核事宜，俾對於治水相關工程計畫提報及執行嚴格把關，同時各縣市政府亦應訂定維護管理計畫及防災應變計畫，對於過去所完成之治水工程設施加強維護管理工作，以發揮應有的防洪功效。
「流域綜合治理計畫」實際上是甫於102年底結束「易淹水地區水患治理計畫」的進階加強版，計畫的內容以前期水患治理計畫所規劃綜合治水方案及執行成果為基礎，並增加對水產養殖排水、農業生產排水及橋河共治之省道橋梁改善，加強推動科技防災與避災措施、重要農糧作物保全及產區調整、治山防洪分級治理，特別導入逕流分擔及出流管制概念、建構海綿城市與低衝擊開發之國土永續理念；未來任何土地開發利用不得增加下游水路排洪負擔，亦不得妨礙原有水路之集、排水功能等創新作為，計畫執行內容將使治水工程與土地管理減災等非工程措施進一歩結合，使治水計畫的受惠層面更加擴大。
有關出流管制部分，水利署目前已完成修訂「中央管區域排水排水計畫書審查作業要點」，將排水計畫書改採兩階段審查，並配合內政部現行用地變更相關程序依都市土地與非都市土地分別加以規範送審程序，以使排水計畫之審查更臻完善；另為擴大公民參與、促進公私部門夥伴關係，未來在「流域綜合治理計畫」執行期間，將從源頭即納入在地居民及公民團體意見，建立與民眾的溝通平台，成立諮詢小組及聯繫窗口等，並在工程規劃、設計及施工過程中，適時召開地方說明會，將相關建言納入計畫執行的參考，使各項工程計畫內容更臻完善。
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