底泥係指因重力而沉積於地面水體底層之物質，包括了河川、灌溉渠道、湖泊、水庫、埤塘、港灣等水體之底部沉積物均屬之，屬水體環境重要的組成，其污染一般而言不易為人所接觸或直接誤食，但底泥長期累積的污染物質，則會經由食物鏈的累積與放大效應，對水生生物及人體健康造成威脅。
環保署基於國內過去因為底泥污染事件造成不同程度的人體健康危害問題，為維護底泥品質以保護水體環境及維護食品衞生，積極執行全面性污染底泥管理工作，於99年2月3日將底泥品質管理相關規範納入「土壤及地下水污染整治法」修正條文中公布施行。依規定，河川、灌溉渠道、湖泊、水庫及其他經環保主管機關公告之特定地面水體之目的事業主管機關應定期檢測底泥品質狀況，與底泥品質指標比對評估，送中央主管機關備查，並公布底泥品質狀況等；另該署101年1月4日發布「底泥品質指標之分類管理及用途限制辦法」訂有重金屬、有機化合物及農藥計41項品質指標項目之上下限值；102年7月15日發布「目的事業主管機關檢測底泥品質備查作業辦法」則明訂各類水體底泥採樣檢測作業之佈點規劃、檢測頻率、申報備查作業等相關程序，並自103年1月1日起施行。
水利署為水環境盡一份心力，將自今(103)年，分四年依前述規定，辦理中央管24條河川及2條跨省市河川之河川底泥品質檢測工作。今年將先由苗栗縣境內的中港溪打頭陣，預計於今年10月底先辦理第一梯底泥採樣檢測工作