104年度水利署及所屬單位預算案歲入編列2億7,695萬8,000元，103年度預算編列2億7,682萬8,000元，較上年度增加13萬元。104年度本署及所屬單位預算案歲出編列167億2,691萬元，103年度預算編列170億7,306萬3,000元，較上年度減少3億4,615萬3,000元。
104年度本署及所屬單位預算案，立法院尚在審議中，目前未完成法定程序，各科目預算數詳請參閱附加檔案。
| 歲入預算統計表(單位：元) |
| 科目名稱 |
本年度預算數 |
上年度預算數 |
本年度與上年度比較 |
| 合計 |
276,958,000 |
276,828,000 |
130,000 |
| 罰款及賠償收入 |
82,950,000 |
82,950,000 |
0 |
| 規費收入 |
15,540,000 |
15,540,000 |
0 |
| 財產收入 |
101,032,000 |
100,902,000 |
130,000 |
| 其他收入 |
77,436,000 |
77,436,000 |
0 |
| 歲出預算統計表(單位：元) |
| 科目名稱 |
本年度預算數 |
上年度預算數 |
本年度與上年度比較 |
| 合計 |
16,726,910,000 |
17,073,063,000 |
-346,153,000 |
| 水資源科技發展 |
180,091,000 |
183,944,000 |
-3,853,000 |
| 一般行政 |
1,924,101,000 |
1,921,249,000 |
2,852,000 |
| 水利建設及保育管理 |
14,615,233,000 |
14,958,475,000 |
-343,242,000 |
| 一般建築及設備 |
550,000 |
2,460,000 |
-1,910,000 |
| 第一預備金 |
6,935,000 |
6,935,000 |
0 |