水利署南區水資源局於省府南工處時代即編制檢驗課單位以辦理各項公共工程品質檢驗，並於87年成立實驗室專責辦理檢試驗，而於同年10月通過混凝土圓柱試體及混凝土鑽心試體抗壓試驗之認證，成為當時省府單位第一家通過CNLA認證之實驗室。民國89年增加土壤類及骨材類等14項試驗之認證；民國90年配合「南化水庫與高屏溪攔河堰聯通管路計畫」開發國內第一次以土壤為基材之回填材料CLSM（Controlled Low- Strength Material ），並通過該CLSM之抗壓試驗認證。

93年隨著CNLA體系變革，轉入TAF認可（證）實驗室體系，時至99年底仍維持TAF認證試驗項目，包含：土壤阿太堡試驗、粒徑分析、夯實試驗、相對密度試驗、工地密度及粗粒料篩分析、比重吸水率等共計21項。100年配合辦公室自屏東搬遷至燕巢(阿公店水庫)，實驗室亦隨之搬遷至燕巢新址並重新建置，期間完成新建實驗室工作廠房及辦理TAF實驗室認證項目異動，後續考量目前辦理工程屬性、試驗項目及實驗室經營效益等因素，目前認證試驗項目暫時減項至7項，分別為：混凝土圓柱試體抗壓強度試驗、混凝土鑽心試體抗壓強度試驗、CLSM低強度回填材料圓柱試體抗壓強度試驗、新拌混凝土氯離子含量檢測、細粒料氯離子含量檢測、低合金鋼元素分析（鋼筋化性）、鋼筋混凝土用鋼筋試驗(物性及水淬鋼筋判定)。

實驗室秉持公正獨立、迅速確實及品質第一的精神，辦理各施工工程材料、施工檢試驗與配合工程查核及督導辦理抽檢試驗作業，且非以營利為目的，僅對機關內服務以維護南區水資源局在建工程檢(試)驗品質，並遵循相關試驗規範完成各項試驗出具報告。

此外，實驗室隸屬於品管課，該課為南區水資源局工程督導小組之幕僚單位，除辦理各項在建工程之工程督導外，並加強各工程材料及施工品質的抽(試)驗，一旦有品質疑慮時，工程督導小組隨即進行後續追蹤與管制措施，以確保工程品質無虞。

機關認證實驗室其經營及有效維持是一段艱辛的過程，因TAF要求認證實驗室每3年延展認證以展現實驗室試驗能力，本實驗室方於103年4月完成延展認證；此外，認證實驗室除需配合TAF各項認證之要求外，為維持試驗品質及試驗公信力尚需辦理各項人員教育訓練計畫、校正計畫、能力試驗及內部稽核計畫等內部品管措施，以確保實驗室試驗品質並藉以提升人員素質。