河川疏濬係以維護河防安全為唯一考量，有計畫性地辦理疏濬工作，除可增加通洪斷面及提高河防安全外；對民眾生命財產安全更能提供實質保障，爰此，水利署第九河川局除每年研擬河川整體疏濬評估計畫外，每三年均會針對河川大斷面進行檢測評估作業，並依據水理分析結果，平時妥適規劃疏濬河段之優先順序並據以執行；對於颱風豪雨過後，亦逐段滾動式審慎檢討，並視需要調整疏濬工程地點及數量，以確保國土及人民生命財產安全。今（103）年預計辦理花蓮溪、馬鞍溪、豐坪溪等8件疏濬工程，預估疏濬量達308萬立方公尺，截至8月27日止，已疏濬約283萬立方公尺。
有鑑於河川之沖淤有其長期動態自然平衡特性，亦為海岸穩定之重要補注砂源，除考量到河道安全及平衡外，更要注意避免造成堤防基礎或橋梁基腳裸露等安全問題。經多年持續積極整治及疏濬後，比對長期大斷面監測及水理演算結果，河床尚屬穩定，通水能力亦足夠。
另為解決中央管河川河床揚塵污染空氣問題，第九河川局除於99年建置完成「花蓮溪及秀姑巒溪自動化水幕防砂改善工程」，藉定期定時自動灑水作業，抑制河床揚塵；同時於自100年度迄今，均辦理「花蓮溪及秀姑巒溪河川揚塵改善計畫」，於河口或易生風砂河川區域栽種植物以定砂，藉此改善河床風砂問題；並在辦理疏濬工程時，均要求廠商做好工區河床便道及周邊環境污染防治工作，如運輸路線設置進出口洗車台、噴水及灑水設備等，並加強不定期視導工區環境污染之管控密度，期降低工區揚塵導致影響空氣品質之情事。
綜上原則，第九河川局擬定未來5大重點工作：
1、續推動主支流淤積3年疏濬計畫：
配合每年颱風豪雨後視河床變化滾動式檢討，隨時調整疏濬計畫內容，以確保河防安全及人民生命財產安全。
2、定期匯流口囚砂區挖掘：
未來視河道淤砂情況及未來土砂生產量，在不影響河防安全之前提下，定期適當挖掘砂坑或提供縣府辦理公共造產疏濬，除可確保通洪能力及河防建造物安全外，亦可配合政策需求提供砂源。
3、河中高灘地處理：
雖部分河段經水理分析結果，通洪無虞可達防洪標準，惟因河道高灘(凸岸)影響造成主流偏左(右)，直接衝擊堤防，不利河防建造物；將全面檢視及滾動檢討，視急需辦理河道整理，以導正主流流向，確保河防及建造物安全。
4.研議土石去化解決方法：
對歷次疏濬工程標售不佳及土石去化問題，除檢討調降標售底價外；對局部影響通洪區段，立即辦理挖掘渠道或規劃辦理河道整理，將疏濬土石改採回填堤後坡、養灘、墊高低窪地、以利水流；同時將依相關要點規定，開放公共工程單位自行載運或提供疏濬工區所在地公所公告受理一般民眾申請，再由公所統一代向執行機關提出申請，可加速土石去化速度；以增加通洪斷面，順暢水流。
5.持續辦理「花蓮溪及秀姑巒溪河川揚塵改善計畫」：
自98年始每年均編列300萬元執行河川揚塵防治工作，合計5年共編列1500萬元辦理易發揚塵河段之植生綠覆蓋工作，總計種植面積達72公頃；未來將持續辦理，並召開地方說明會使地方民眾了解政府抑制揚塵之作為，宣導民眾於河川地種植使用(翻土)期間配合做好覆蓋，共同為抑制揚塵努力。