有關「流域綜合治理計畫（103年-108年）」業經行政院於103年4月16日以院臺經字第1030131693號函核定在案，依計畫書中主要工作項目及其執行策略一節，有關治理工程用地涉及使用農田水利會土地時，直轄市、縣（市）政府得比照行政院核定「易淹水地區水患治理計畫涉及使用農田水利會土地之通案處理原則」辦理。
爰未來直轄市、縣(市)政府執行「流域綜合治理計畫」之工程用地取得涉農田水利會土地時，應依下列事項辦理：
一、經核定公告為區域排水，已無農田灌溉用途者：
1.縣(市)政府先行辦理協議價購；協議不成，得申請徵收。
2.前項土地協議價購經費，就財務困難縣(市)政府，其中央補助費部分，由縣(市)政府撥付農田水利會；至地方政府負擔部分，由縣（市）政府分年編列預算支應；另縣（市）政府自籌部分未付清前，如農田水利會不同意先行辦理土地所有權移轉時，農田水利會應出具土地使用同意書，同意先行施工，其產權登記則由縣市政府與農田水利會依付款比率共同持有。
二、經核定公告為區域排水，仍具有農田灌溉用途者：
1.以區域排水路引(取)水灌溉之灌溉受益面積佔區域排水系統集水區面積之比率，估算農田水利會之用地經費分攤比率。由農田水利會會同縣（市）政府調查灌溉受益面積，製作受益面積及位置圖等資料，送請農委會查核後轉經濟部水利署換算其佔區域排水系統集水區面積之比率後，轉送該管之縣(市)政府。
2.依前述換算所得比率之農田水利會土地，縣(市)政府暫不辦理徵收，由農田水利會同意先行施工使用，其餘農田水利會土地，由縣(市)政府先行辦理協議價購；協議不成，得申請徵收。
3.前項土地協議價購經費，就財務困難縣(市)政府，其中央補助費部分，由縣(市)政府撥付農田水利會；至地方政府負擔部分，由縣（市）政府分年編列預算支應；另縣（市）政府自籌部分未付清前，如農田水利會不同意先行辦理土地所有權移轉時，農田水利會應出具土地使用同意書，同意先行施工，其產權登記則由縣市政府與農田水利會依付款比率共同持有。