目前世界各國政府於推動重大計畫或辦理重大公共工程時，多納入民眾參與，並將民眾參與結果作為政府施政決策之重要考量因素之一，希望藉民眾參與以提升政府施政品質，並更貼近民眾之需求，達到政府與民眾雙贏之局面。
而為能如期如質及如民眾所期望的完成「流域綜合治理計畫」各項工作，經濟部業依據「流域綜合治理計畫推動小組設置與作業辦法」第16條規定，於103年12月4日訂頒「經濟部辦理流域綜合治理計畫建立民眾參與機制注意事項」，期待藉由真正關心在地居民，及瞭解在地特性之民眾與民間團體所組成之在地諮詢小組，與在地民眾一起依循該機制，進行即時溝通及雙向交流以達共識。
為促進公私部門有效性的對話，所訂頒之民眾參與機制，包含下列四大主要部分：
1.成立在地諮詢小組：由水利署各河川局邀請轄區內各直轄市、縣(市)政府、專家學者及民間團體代表成立在地諮詢小組，開會時並邀相關機關、單位參加。
2.辦理溝通活動：本計畫規劃(含規劃檢討)及治理工程，適時召開說明會對外說明；另針對外界關切或重大案件，各執行機關可增加以工作坊、座談會等形式加強對外界溝通。
3.指定溝通窗口：各執行機關指定專人擔任計畫溝通窗口，持續與民眾進行溝通，以利意見交流。
4.重要資訊公開：計畫重要內容將依政府資訊公開法規定，由水利署設置專屬網站辦理重要資訊公開。
依照「經濟部辦理流域綜合治理計畫建立民眾參與機制注意事項」所定各項程序，「流域綜合治理計畫」即可藉由「在地諮詢小組」會議，確實掌握各地區之民眾實際參與情形，及協助解決所遭遇到之問題，進而讓政府部門、在地民眾及民間團體等，不管是對計畫或重點個案，都能在規劃、設計及施工等各階段，藉由多面向參與機制完整參與，使計畫執行能更加完善，確保各種在地之專業意見與智慧都能納入，使計畫未來各項內容均能更符合地方大多數人期待。