第二河川局為因應氣候變遷、確保河防安全並配合年度違章建築處理方案、頭前溪橋下游右岸舊港堤防興建工程及因應新竹縣環保局推動違規管線拆除，於103年度執行轄區鳳山溪、頭前溪、中港溪及後龍溪河川區域內違法房屋及構造物拆除計畫，計拆除違規構造物45間，面積5,731.50平方公尺，圍籬422.20公尺。
另為因應「看見臺灣」影片帶給政府及國人之省思，配合新竹縣環保局推動違規排放管線拆除，由環保局先行依可疑地點採透地雷達檢測、標定暗管位置並協同公告，於公告期滿後合作拆除排放管線並予以封閉，計拆除違規排放管線8處，以回復河川清水風貌。
第二河川局轄區部分河段之
河川公地，因長久以來遭民衆佔用搭蓋違章建築構造物，嚴重影響河防安全，經張貼公告，告知民眾倘未能及時拆除，如遇強降雨，如莫拉克
颱風，恐將嚴重阻礙水流而發生水患，並危及橋梁、河防安全等致發生嚴重災害，並勸導民眾自行將搭蓋違建物拆除。本河段違規建物經張貼公告後，考量民眾生計及作業時間，已給予適當自行拆除期限，雖有部分已自行拆除違規建物，惟尚未達計畫範圍內全面拆除目標，為能順利執行拆除作業，經
第二河川局召開現勘、執行會議等協調事宜，依計畫期程於103年度執行期間內並同縣(市)警察局、高速公路局、鐵路局、電力公司及地方政府等相關單位，一起協助配合執行強制拆除，以解除多年沉疴。